Le Football Club de Rouen est né le 11 juillet 1899 de la fusion de l'Union Sportive Rouennaise et de l'Union Sportive Sottevillaise. Les principaux artisans de la fondation du club se nommaient Willing, Maréchal, Hurard (le premier président), Jacques Caudron (entraîneur), Cousinard (gardien de but), Robert et Maurice Diochon …

Le Football Club de Rouen progresse régulièrement et décroche une place de finaliste du championnat de France USFSA en 1913. Après la première guerre mondiale, le club perd la finale de la Coupe de France en 1925. En 1933, le club devient professionnel et intègre le championnat de Division 2 nouvellement créé. En 1936, le FCR devient champion de France de Division 2 et accède ainsi à l'élite.

Le club restera en Division 1 jusqu'à la seconde guerre mondiale, accrochant au passage la quatrième place à l'issue des saisons 1936-37 et 1937-38. Le FCR sera champion de zone en 1940 et champion de France en 1945 après une finale jouée contre Lyon et remportée confortablement sur le score de 4-0.

La paix revenue, le club jouera en Division 1 jusqu'en 1947. De 1947 à 1960, le FCR évoluera dans le championnat de Division 2. Le club se classe 4^e en Division 1 pour son retour parmi l'élite lors de la saison 1960-61. Les Diables Rouges resteront en Division 1 pendant 10 saisons accrochant à nouveau en 1968-69 une quatrième place synonyme de coupe d'Europe.

La saison 1969-70 sera très contrastée. En effet, le FCR jouera d'une part la Coupe des Villes de Foire (la future Coupe de l'U.E.F.A.), éliminant le FC Twente (2-0 ; 0-1) puis le SC Charleroi (1-3 ; 2-0) avant d'être éliminé en huitième de finale par les Anglais d'Arsenal (0-0 ; 0-1) qui remporteront la compétition. D'autre part, le club accrochera une modeste 12^e place en championnat et sera relégué suite à des problèmes financiers.

La saison 1970-71 sera marquée par la création du National (3 groupes de seize clubs) qui remplace le groupe de Division 2. Le FCR jouera la saison dans le groupe centre avec le voisin de l'U.S.Quevilly et terminera second derrière un club nouvellement créé, le Paris-Saint-Germain.

Les Diables Rouges resteront en Division 2 jusqu'à la fin de la saison 1976-77 où ils gagneront une place en Division 1 à l'issue des matches de barrage disputés contre Gueugnon. La saison 1977-78 parmi l'élite sera très moyenne (6 victoires, 6 nuls et 26 défaites) et amènera l'équipe à la 20^e place à 13 points du 19^e et avant-dernier, Troyes. L'événement de la saison fut le match nul décroché lors de la 38^e journée contre le F.C.Nantes (0-0) privant ainsi les Canaris du titre de Champion de France.

Le FCR restera à nouveau durant quatre saisons en Division 2 pour devenir champion de groupe en 1982 et retrouver ainsi l'élite. Le club opéra au plus haut niveau pendant trois saisons avant de passer successivement par la Division 2, puis la Division 3 et enfin se stabiliser durant sept ans en Division 2. A la fin de la saison 1993-94, les Rouennais qui évoluaient dans la toute nouvelle Super D2, terminent 19^e et se trouvent reléguer en National 1.

Après une saison 1994-95 peu satisfaisante pour un club professionnel (une modeste 6^e place), le FCR dépose le bilan, est rétrogradé en National 2 et devient le Football Club du Grand Rouen. Le club se maintient alors à ce niveau en National 2 puis en CFA nouvellement créé. En décembre 1997, le FCGR dépose à son tour le bilan et c'est l'Olympique du Grand Rouen qui lui succède. L'OGR est rétrogradé en CFA2 en fin de saison 1997-98 à cause du dépôt de bilan du FCGR. Les Rouennais ne restent à ce niveau qu'une année et reviennent en CFA pour la saison suivante, tout en effectuant, un excellent parcours en Coupe de France (battus en quart de finale par Sedan). La saison 1999-2000 ne fut pas aussi réussie que la précédante. L'objectif avoué du National ne fut pas atteint malgré un effectif composé de nombreux joueurs ayant évolués aux niveaux supérieurs. La baisse du budget décidé en fin de saison par le président Kadji suite au manque d'enthousiasme des investisseurs locaux, entraîna le départ de nombreux joueurs ainsi que celui de l'entraîneur Laurent Roussey auquel il ne renouvellera pas sa confiance. Dans la foulée, le club reprend son ancien nom auquel est accolé son année de création pour devenir le Football Club de Rouen 1899.

Le 12 juillet 2000, c'est René Bertin qui prend les rênes du FCR en pleine mutation. Le tout nouvel entraîneur Patrice Heaulmé est remercié après 3 journées. C'est au tour d'Yves Brécheteau de diriger une équipe de CFA qui va changer de physionomie tout le long de cette saison de transition qui se soldera par une 8^e place. Pour la saison 2000-2001, le FCR retrouve le groupe ouest du CFA après une intersaison qui a vu le départ de nombreux joueurs et l'arrivée de joueurs ayant évolué aux niveaux supérieurs.